La colección de sarcófagos a los pies de la iglesia contuvieron los restos de la familia de los Beni Gómez, quienes fueron Condes e Infantes de Carrión. El conjunto, no obstante, es fragmentario, dado que bastantes ejemplares no se encuentran completos. Los podemos dividir en dos grupos. Los primeros, más antiguos, corresponden a la familia condal. Son sepulcros lisos de finales del siglo XI y comienzos del XII, en los que las inscripciones prácticamente se han perdido.

En el año 2000 se limpian las paredes del templo actual y salen a la luz más restos del primitivo templo románico. El ejemplo más notables, el capitel embutido en el muro, del que se aprecia el labrado de dos de sus caras.

El coro alto destaca por su sillería de dos pisos en nogal con columnas salomónicas y, frente al órgano, un coro de menos tamaño, denominado «de los enfermos», para que estos pudieran asistir a los oficios litúrgicos. Colgado sobre el arco de la puerta principal de entrada a la iglesia, en la fachada norte, el órgano castellano de estilo barroco (1716), uno de los pocos que aún conservan la cadeneta: los tubos de sonido a la espalda del organista.

El retablo mayor, procedente de la localidad de Baquerín de Campos (Palencia), está dedicado a Ntra. Sra. de la Asunción, de disposición contrarreformista y considerables dimensiones, dorado al fuego y con altorrelieves de notable factura.

En el presbiterio, una urna con los restos de la Condesa Doña Teresa, fallecida en el año 1092. Enfrente, la urna con los restos de S. Félix y S. Agapio. La reliquia de San Zoilo se encuentra depositada detrás del actual retablo.

En lo que fue la sacristía de han expuesto las dos Telas Islámicas (BIC) de gran tamaño, posiblemente del siglo XI, que fueron halladas recientemente.

El Claustro principal, de estilo Plateresco, constituye el elemento de mayor interés artístico, uno de los más importantes del Renacimiento español. Su diseño es obra del arquitecto Juan de Badajoz «el Mozo» (1537), aunque su elaboración requirió la presencia de varios arquitectos y escultores, destacando entre los segundos, Miguel de Espinosa, Antonio Morante y Bernardino Ortiz quien finalizó la obra, en el año 1604.

Aunque las obras del claustro bajo fueron más rápidas, durando 40 años, los problemas de tipo económico retrasaron la finalización de esta construcción del claustro alto hasta los 67 años de tiempo empleados en su total realización. Las medidas del monumento se cifran en 37 metros de longitud por cada lado y una anchura de cuatro metros y medio.

La decoración de la planta baja, la principal, comprende unos 230 retratos de personajes. El primer grupo, está dedicado a la genealogía de Jesucristo según el Evangelio de San Mateo; y el segundo grupo a la descendencia espiritual de San Benito como transmisora de la Revelación. En la puerta de acceso a la Iglesia (al inicio del recorrido por el claustro) queda plasmada simbólicamente la celebración de la Eucaristía. En el medallón de la izquierda se representa al profeta Daniel; y en el de la derecha la Sibila Europa. En el frontón, un pelícano y su nido (simbología eucarística) y coronándolo un Cristo en la Cruz.

Un paseo por el claustro es una lección de historia del Nuevo y Viejo Testamento cuyos personajes principales están aquí cincelados: desde Adán y Eva a los Apóstoles de Cristo.

Durante más de un año, entre 1998 y 1999, la Federación Española de Asociaciones de Amigos del Camino de Santiago organizó una exposición bibliográfica itinerante bajo el título: “Camino de Santiago, mil años de historia…mil libros para conocerla”. Viajó por una veintena de localidades de toda España y más de cien mil personas pudieron comprobar que la ruta jacobea no era solamente historia del pasado y peregrinos presentes, sino que también es un espacio para el estudio a través de los cientos y cientos de  libros que nos dejaron generaciones pasadas y contemporáneas, y desde el Centro de Estudios y Documentación del Camino de Santiago queremos dejar constancia de esto para los tiempos futuros.

De la gran acogida y éxito de esta exposición itinerante nació el reto de intentar perpetuar el éxito en una ubicación permanente. El Monasterio de San Zoilo, ubicado en el centro geográfico del Camino Francés, se convirtió en el lugar óptimo para situar esta magnífica Biblioteca Jacobea y más aun contando con esta espectacular sala que si bien no impresiona por su tamaño sí lo hace por la fantástica decoración de sus techos, siendo esta pintura al temple la original realizada por su autor, un artista italiano, a mediados del siglo XIX.

Los fondos bibliográficos que conforman esta Biblioteca han ido aumentando, sobre todo en esta última década, superando los 6000 volúmenes en la actualidad

El Abad mitrado del Monasterio de San Zoilo fue considerado en la época medieval como “Señor de horca y cuchillo”, o lo que es lo mismo, tenía poder jurisdiccional para juzgar todo tipo de casos y sentenciar a los reos con cualquier pena, incluso la muerte, en la veintena de pueblos que pertenecían a la jurisdicción del Monasterio.

 Por este motivo el Monasterio contaba con una cárcel emplazada en el espacio en que hoy podemos ver estas dos celdas de castigo, las cuales datan del siglo XVI, utilizadas para el cumplimiento de castigos, derivados de penas leves, a los cuales eran sentenciados propios monjes del monasterio.

Los dos habitáculos conservados son de pequeñas dimensiones: 1 metro de ancho por 2 metros de largo y 1,5 metros de altura. Se encuentran ubicados debajo de la escalera principal la cual, en la actualidad, es parte del Hotel y da acceso a la parte superior del claustro.

 Otra de las partes que componen el Monasterio de San Zoilo es el conocido como Patio de los Jesuitas. Esta construcción es de la época en que la Compañía de Jesús se instaló en el edificio, desde mediados del siglo XIX hasta el año 1959, transformándolo en un colegio. Como puede verse, decorando este patio, en el centro hay una fuente con la figura del Corazón de Jesús, símbolo característico de esta orden religiosa.

 En la actualidad es propiedad del Hotel y se utiliza para la celebración de diferentes actos.